Ο Γιάννης Κουτσάκης δολοφονήθηκε το απόγευμα της Μεγάλης Δευτέρας του 1986 σε μία ενέδρα έξω από το χωριό Πόμπια. Έτσι έκλεισε μια μακρά περίοδος αμφισβήτησης και κόντρας των κατοίκων της περιοχής με τους αδελφούς Βαρδινογιάννη. Επειδή αυτή η κόντρα είναι παλιά, είναι απαραίτητη μια βασική ιστορική αναδρομή.
Μεγάλες εκτάσεις στην περιοχή ανήκαν από τις αρχές του αιώνα στο τοπικό μοναστήρι της Οδηγήτριας. Πρόκειται για μια περιουσία που σχηματίστηκε από αγορές, από δωρεές και κυρίως από παραχωρήσεις αυτών των εκτάσεων στο μοναστήρι από τους ιδιοκτήτες τους, λόγω των προνομίων που είχαν τα μοναστήρια επί τουρκοκρατίας. Οι εκτάσεις αυτές είναι στην πλειοψηφία τους βοσκότοποι, έτσι το μοναστήρι τις νοίκιαζε ή τις παραχωρούσε δωρεάν σε βοσκούς για χρήση.
Το 1961 ο Νίκος Βαρδινογιάννης αγοράζει 4.400 στρέμματα, αλλά όχι από το μοναστήρι της Οδηγήτριας που είναι ο ιδιοκτήτης τους, τα αγοράζει από Σφακιανούς βοσκούς που τα χρησιμοποιούσαν και που δεν είχαν δικαιώματα αγοραπωλησίας. Η αγοραπωλησία γίνεται θέμα στην τότε Βουλή, αλλά κουκουλώνεται. Ένας άλλος γόνος της οικογένειας ο Παύλος Βαρδινογιάννης είναι Βουλευτής της Ένωσης Κέντρου.
Ήδη πριν επισημοποιηθεί η αγοραπωλησία χάνεται εντελώς περίεργα, κλέβεται δηλαδή από το μοναστήρι ο κώδικας της κτηματικής του περιουσίας, όπου είναι καταχωρημένες οι ιδιοκτησίες κι έτσι εξαφανίζεται το μοναδικό στοιχείο που αποδεικνύει την παρανομία. Παρόλα αυτά επανειλημμένα το θέμα έρχεται στη Βουλή και τα συμβόλαια της αγοράς καταγγέλλονται ως άκυρα.
Λίγο αργότερα οι Βαρδινογιάννηδες στήνουν την εταιρεία ΣΕΚΑ που αγοράζει γύρω στο 1965 μετά από εικονική δημοπρασία ένα βραχονήσι στο μπάσιμο του όρμου των Καλών Λιμένων, έναντι 75 χιλιάδων δραχμών. Βάζοντάς το υποθήκη, παίρνουν στη συνέχεια από την Αμερικανική Τράπεζα First National Bank δάνειο 36 εκατομμύρια δραχμές. Η εταιρεία ΣΕΚΑ δημιουργείται σαν εταιρεία ανεφοδιασμού πλοίων και πράγματι η θέση είναι στρατηγική για μια τέτοια επιχείρηση. Πρόκειται για τη νοτιότερη άκρη της Κρήτης και σταθμό ανεφοδιασμού για όλη την Ανατολική Μεσόγειο.
Οι Βαρδινογιάννηδες εγκαθιστούν στην αρχή δύο δεξαμενόπλοια που χρησιμοποιούνται σαν πλωτές δεξαμενές. Όμως το 1965 μια ξαφνική κακοκαιρία σπρώχνει το ένα στην ακτή όπου προσαράζει και καταστρέφεται. Κατόπιν αυτού αφού αγοράσουν τη βραχονησίδα στήνουν εκεί σταθερές δεξαμενές πετρελαίου και νερού.
Από τη στιγμή που οι Βαρδινογιάννηδες γίνονται νόμιμα ή παράνομα ιδιοκτήτες της περιοχής, αρχίζουν την εκστρατεία απομάκρυνσης των κατοίκων των Καλών Λιμένων από το χωριό τους, ώστε να εξασφαλίσουν τον ανάλογο έλεγχο της περιοχής. Οι χωρικοί, όπως και σε πολλά άλλα χωριά γύρω, έχουν ήδη μπει στην τροχιά της μετανάστευσης, κι έτσι οι Βαρδινογιάννηδες έναντι ευτελών ποσών αγοράζουν μερικά σπίτια.
Αλλά οι περισσότεροι δεν πουλάνε, και τότε αρχίζει η τρομοκρατία. Καταστροφές των σπιτιών, συστηματικές απειλές με όπλα, εκβιασμοί, ατέλειωτοι δικαστικοί αγώνες, είναι το ρεπερτόριο. Στις περισσότερες περιπτώσεις οι κάτοικοι υποκύπτουν και η ΣΕΚΑ αγοράζει τα σπίτια τους και τα γκρεμίζει. Κάποιοι ελάχιστοι παραμένουν, αλλά έχουν απέναντί τους σε καθημερινή βάση απέναντι την τρομοκρατία των μπράβων του ΣΕΚΑ.
Έτσι, μέχρι το τέλος της δεκαετίας του ΄70 οι Βαρδινογιάννηδες έχουν κυριαρχήσει στην περιοχή. Όμως στις δημοτικές εκλογές του 1978 βγαίνει Κοινοτάρχης στην Κοινότητα Πηγαδάκια στην οποία υπάγονται και οι Καλοί Λιμένες ο Γιάννης Κουτσάκης. Νέος, γύρω στα 26, σοσιαλιστής, κάποια από τις εξαιρέσεις του ΠΑΣΟΚ της εποχής εκείνης, που αποφασίζει να βάλει τα πράγματα στη θέση τους, πολύ απλά αρχίζει τον πόλεμο με τους μαφιόζους που έχουν λεηλατήσει την περιοχή.
Το πρώτο του μέλημα είναι να ανοίξει ο δρόμος από τα Πηγαδάκια στους Καλούς Λιμένες. Ο δρόμος αυτός είχε χαραχτεί το 1962 και ο απαλλοτριώσεις είχαν πληρωθεί ως το 1966. Όμως περνάει μέσα από την ιδιοκτησία της ΣΕΚΑ, που αν και έχει χρυσοπληρωθεί πουλώντας κάθε θάμνο για εκμεταλλεύσιμο δέντρο, εμποδίζει το άνοιγμα του δρόμου. Οι μπουλντόζες έχουν σταματήσει για χρόνια στα σύνορα της ΣΕΚΑ.
Από το 1981 και μετά ο Κουτσάκης νοιώθει πως ο γενικός πολιτικός συσχετισμός τον ευνοεί. Έτσι, προσπερνά τις απειλές της ΣΕΚΑ και τις προσπάθειες εξαγοράς του από το Σήφη Βαρδινογιάννη και αποτελειώνει το άνοιγμα του δρόμου. Παράλληλα αρχίζει η εγκατάσταση δικτύου νερού και ρεύματος με άπειρες δυσκολίες. Τη νύχτα οι μπράβοι της ΣΕΚΑ καταστρέφουν τους σωλήνες, την ημέρα με αυτοκίνητα εμποδίζουν τις μπουλντόζες.
Αλλά τα έργα έστω και με καθυστέρηση, προχωράνε. Είναι φανερό πως αυτά τα έργα ήταν από τα πιο απαραίτητα για να μπορέσουν οι παλιοί κάτοικοι των Καλών Λιμένων να ξαναεγκατασταθούν στο χωριό τους. Και πράγματι το ρεύμα της επιστροφής αρχίζει, προκαλώντας πανικό στα αφεντικά της ΣΕΚΑ.
Το χειμώνα του 1985 ένα καινούριο μέτωπο προστίθεται. Παλιοί και νέοι κάτοικοι, με τη βοήθεια του Κουτσάκη αρχίζουν να ξαναχτίζουν σπίτια στους Καλούς Λιμένες. Η ΣΕΚΑ καρφώνει τα αυθαίρετα. Οι μηνύσεις και οι έρευνες της Αστυνομίας πέφτουν βροχή. Ο Κουτσάκης αναλαμβάνει την υπεράσπιση των συγχωριανών του από κάθε πλευρά.
Οι Βαρδινογιάννηδες πιέζουν το Νομάρχη Ηρακλείου Λουκάκη να διατάξει την κατεδάφιση των αυθαιρέτων. Η απάντηση του Κουτσάκη είναι σαφής: "Το γκρέμισμα των αυθαιρέτων θα αρχίσει από το Ηράκλειο". Κι όσον αφορά τους Καλούς Λιμένες, να γκρεμίσουν πρώτα όλα τα αυθαίρετα της ΣΕΚΑ και μια βίλα των Βαρδινογιάννηδων και μετά τα σπίτια των κατοίκων, αλλιώς..
Σε μια συνάντηση διαλόγου στα γραφεία της ΣΕΚΑ οι μπράβοι και ο ίδιος ο διευθυντής της εταιρείας ξυλοκοπούν τον Κουτσάκη. Δεν πτοείται, το χειμώνα του 1985 μια BMW με τέσσερα άτομα προσπαθεί να του κλείσει το δρόμο και τον ρίχνει σε διπλανό γκρεμό, που ξεφεύγει.
Ο Κουτσάκης αποφασίζει να επισκεφθεί το Πάσχα του 1986 το Πατριαρχείο της Κωνσταντινούπολης, στο οποίο υπάγεται διοικητικά το μοναστήρι της Οδηγήτριας. Θεωρεί σχεδόν βέβαιο ότι θα βρει εκεί αντίγραφα του κλεμμένου κώδικα κτηματικής περιουσίας του μοναστηριού, ώστε να αποδείξει την παρανομία της αγοράς του 1961.
Τη Δευτέρα 28 Απρίλη του 1986, Μεγάλη Δευτέρα, καθώς επιστρέφει με την οικογένειά του έξω από το χωριό Πόμπια, σε μια από τις πολλές στροφές του δρόμου, κάποιοι άγνωστοι έχουν ρίξει πέτρες στο δρόμο. Ο Κουτσάκης σταματάει το αυτοκίνητο και δέχεται τον πρώτο πυροβολισμό. Προσπαθεί να βγει για να πάρει το όπλο που έχει στο port baggage, ο γκάνγκστερ όμως πλησιάζει τον Κουτσάκη πυροβολώντας τον συνέχεια. Στα τρία μέτρα τον έχει αποτελειώσει.
Οι κάτοικοι, αλλά και ολόκληρη η Κρήτη μένουν εμβρόντητοι. Αντίθετα, οι Αστυνομικοί του χωριού αφήνουν ώρες να περάσουν μέχρι να αρχίσουν οι έρευνες για το δράση. Μάταιος κόπος. Όλοι οι κάτοικοι ξέρουν ποιοι είναι πίσω από τη δολοφονία του Κουτσάκη αλλά δεν είναι οι μόνοι. Το ίδιο βράδυ φτάνει ινκόγνιντο ισχυρή αστυνομική δύναμη με πολιτικά, που μαζί με τους μπράβους της ΣΕΚΑ αναλαμβάνουν την περιφρούρηση των εγκαταστάσεων.
Οι Βαρδινογιάννηδες φοβούνται και δεν κατεβαίνουν το καλοκαίρι στη βίλα τους. Επιπρόσθετα μια εβδομάδα μετά τη δολοφονία του Κοινοτάρχη η ΣΕΚΑ βγάζει ανακοίνωση και υπόσχεται δέκα εκατομμύρια για την ανεύρεση του δολοφόνου. Φυσικά κρατάει τα λεφτά της.
Θεωρώντας πως η αντίσταση των κατοίκων έχει καμφθεί, η ΣΕΚΑ ξαναρχίζει τη λεηλασία της περιοχής. Ένα μήνα μετά τη δολοφονία, ετοιμάζεται να ξαναρχίσει τις γεωτρήσεις. Η αντίδραση των κατοίκων είναι ακαριαία, διακόσια πενήντα άτομα σταματάνε τη γεώτρηση και στις 12 Ιουνίου του 1986 κάνουν δυναμική συγκέντρωση στους Καλούς Λιμένες εναντίον της ΣΕΚΑ, καταλαμβάνουν μια αποθήκη της εταιρείας και πετάνε όλο το περιεχόμενό της στη θάλασσα.
Η κατάληψη κρατάει τρεις μέρες, την αντιμετώπισή της αναλαμβάνει η ανώτερη Αστυνομική Διοίκηση όλης της Κρήτης, οι ανακρίσεις φυσικά προχωρούν αλλά δεν βρίσκουν την άκρη. Παρόλα αυτά με επιστολή του σε δύο τοπικές εφημερίδες 30 Ιουλίου του 1986 ο Ανθυπαστυνόμος Ασφαλείας Ηρακλείου Χαριτάκης διαμαρτύρεται στον Πρωθυπουργό για "τις πολιτικές παρεμβάσεις στο έργο της Αστυνομίας που της δυσκολεύει την εξιχνίαση διαφόρων υποθέσεων".
Μεταξύ άλλων λέει: "Πρόσφατο παράδειγμα η ανθρωποκτονία εκ προθέσεως του Προέδρου των Πηγαδακίων, η εξιχνίαση του οποίου είναι ζήτημα ωρών. Η περιοχή βοά, λύστε τα χέρια της Αστυνομίας και κλείστε τα στόματα που παραπλανούν σκόπιμα δια του Τύπου και δια των ψιθύρων την κοινή γνώμη" (Μεσόγειος, 30 Ιουλίου 1986).
Οι συγγενείς του Κουτσάκη προτείνουν στους Εισαγγελείς τον Χαριτάκη σαν μάρτυρα. Η ανεξάρτητη δικαιοσύνη, εκτός από τυφλή είναι και κουφή. Ο Χαριτάκης μετατίθεται. Στις επόμενες κοινοτικές εκλογές οι κάτοικοι βγάζουν Κοινοτάρχη τον πατέρα του Κουτσάκη και αρχίζουν αμέσως οι ανώνυμες πλην έγγραφες απειλές «κάθαρμα θα πεθάνεις κι εσύ». Εν τω μεταξύ η ΣΕΚΑ αρχίζει να σέρνει ξανά τους κατοίκους των Καλών Λιμένων στα Δικαστήρια για καταπατητές. Οι κάτοικοι υπομένουν, υποφέρουν και σωπαίνουν, οι ρουφιάνοι είναι παντού».

από το περιοδικό «Post» του 1991
που διαβαστηκε ο απο τον Κουφοντινα στην δικη το 2006
στην προσπαθεια να δικαιολογηθει η διακαιη επιθεση.